Il Presidio di San Francisco, che originariamente si chiamava El Presidio Real de San Francisco, è un parco nella estrema punta nord della penisola dove si trova la città e, con la penisola di Marin, forma lo stretto ingresso della baia denominato Golden Gate.
Originariamente il Presidio era un forte spagnolo aperto da Juan Bautista de Anza agli albori della città, nel 1776. Dopo l'annessione della California agli Stati Uniti, diventò immediatamente la sede del sesto reggimento dell'esercito degli Stati Uniti. Fu chiuso e smilitarizzato definitivamente nel 1995 e questo fa di lui la base militare statunitense che abbia operato più a lungo in assoluto. Ora l'area è diventata un parco naturale e gestita dalla Golden Gate National Recreation Area. Il parco è caratterizzato da molte foreste, colline e viste scenografiche.


Ora la base è stata quasi completamente smantellata e il bosco ripristinato quasi allo stato originario. Permangono ancora degli edifici nella base, tutti concentrati nella zona centrale: qui c'era il quartier generale e la piazza d'armi, ora c'è il Presidio Army Museum che contiene informazioni dettagliate e una ricca collezione di fotografie sulla storia militare di San Francisco. Il cimitero militare è molto famoso e ospita tra le altre la tomba del generale Irving McDowell, che ha comandato la Union Army all'epoca della guerra civile. Dal 1980 inoltre il Presidio ospita il Letterman Army Medical Center dedicato a Jonathan Letterman, medico dirigente dell'Army of the Potomac (nella guerra civile).
Uno degli obiettivi della nuova gestione del Presidio era quello di raggiungere l'autosufficienza economica entro l'anno fiscale 2013; questo è stato raggiunto già nel 2006, molto in anticipo, e spianando la strada ad un progetto di sviluppo del parco.
Sulla costa del parco, tra il Golden Gate e Marina, nacque Crissy Field, il primo campo di aviazione della città, aperto in occasione della Panama Pacific Exposition del 1915 e che per molto tempo ha rappresentato un dei principali terminal per l'arrivo della posta aerea. Nel 1990, con prossima la chiusura del Presidio, l'area fu abbandonata e dal 2000 il campo è stato smantellato e l'area ha ripreso l'aspetto paludoso e selvaggio originale.


In prossimità dell'approdo meridionale del Golden Gate Bridge, c'è uno dei pochi bastioni ancora in piedi della vecchia base del Presidio, Fort Point; costruito in mattoni rossi e ben difeso da grossi cannoni (ancora presenti) sul tetto dell'edificio, ora è un museo visitabile da cui si ha un'inquietante visione del ponte, condita dal fragore delle onde che si rifrangono sulle rocce sottostanti. L'atmosfera drammatica ha ispirato diversi registi, che qui hanno girato le scene più drammatiche dei loro film; il nome più prestigioso è quello di Alfred Hitchcock che qui ha girato una scena del film Vertigo.